分子动力学结果简易分析教程
分析蛋白质和配体的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg -tu ns 两次选择backbone 1qtgrace rmsd_protein.xvg 接下来检查配体分子的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg -tu ns 第一次选bcakbone，第二次选MOL，代表结构对蛋白骨架做叠合，只计算MOL的RMSD，考查配体分子的RMSD。 1qtgrace rmsd_lig.xvg 考查氢键创建并进入hbond目录，在cmd下运行 1gmx hbond -f ../md.xtc -s ../md.tpr -hbn -hbm -nomerge -tu ns 选择protein和MOL组 123113qtgrace hbnum.xvg 考察rmsf1gmx rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -res 选择protein组 121qtgrace rmsf.xvg 考察sasa在git bash上运行 123gmx...
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