分析蛋白质和配体的骨架：

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gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg -tu ns

两次选择backbone

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qtgrace rmsd_protein.xvg

接下来检查配体分子的骨架：

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gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg -tu ns

第一次选bcakbone，第二次选MOL，代表结构对蛋白骨架做叠合，只计算MOL的RMSD，考查配体分子的RMSD。

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qtgrace rmsd_lig.xvg

考查氢键

创建并进入hbond目录，在cmd下运行

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gmx hbond -f ../md.xtc -s ../md.tpr -hbn -hbm -nomerge -tu ns

选择protein和MOL组

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13
qtgrace hbnum.xvg

考察rmsf

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gmx rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -res

选择protein组

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2
1
qtgrace rmsf.xvg

考察sasa

在git bash上运行

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gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group protein and not charge {-0.2 to 0.2}'

qtgrace -nxy area.xvg

考察Rg

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2
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gmx gyrate -s md.tpr -f md.xtc -o gyrate.xvg

qtgrace gyrate.xvg

mmpbsa分析

轨迹矫正（选择系统）

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gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_noPBC.xtc -center -pbc mol -ur compact

采样90-100ns轨迹，一般认为更加稳定

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gmx trjconv -f md_noPBC.xtc -o trj_90-100ns.xtc -b 90000 -e 100000

轨迹检查

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gmx check -f trj_90-100ns.xtc

mmpbsa分析，基于李继存老师的分析脚本

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gmx_mmpbsa.bsh -f trj_90-100ns.xtc -s md.tpr -n index.ndx -pro Protein -lig MOL

VMD分析

在VMD主界面下点击Graphics ——> Representations ——> selected Atoms下输入：

显示蛋白
protein

显示配体
resname MOL

显示氧原子/氮原子氢键周围3埃内原子
not water and same resid as within 3.0 of index xx xx xx
of index xx xx xx