hexo-butterfly博客搜索功能的实现
前言最近一直想给自己的博客添加搜索功能，用于搜索自己的贴子。经过搜索一些教程并结合自己的思考，遂整理成这样的贴子用以记录下部署过程。 最终实现效果如下（输入123即可弹出搜索结果）： 插件的安装此搜索功能是借助于hexo-generator-search插件实现的，要用到这个功能，需要安装此插件： 1npm install hexo-generator-search --save 此外，在__config.xml文件下增加功能： 12345search: path: search.xml field: post content: true template: ./search.xml 然后，在博客的目录下新增search.xml，这个xml文件是一个搜索模板，没有它就无法生成搜索结果。 search.xml可在GitHub上进行下载。链接如下：https://github.com/wzpan/hexo-generator-search/blob/master/templates/search.xml 其代码如下： 12345678910111213141516171...
windows下基于anaconda的开源版pymol的安装
安装pymol时用的是win7，也能适用于win10，只不过我主机已经安装了,这里是开了个虚拟机演示。 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages地址(用于下载pymol包)：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/链接挂掉了，但是可以通过github的release进入下载 Anaconda官网：https://www.anaconda.com/ 如果使用pip命令出现无法安装的问题，视情况而解决，不过很有可能只是需要更换为国内镜像就可以了，在这里提供一个临时调用镜像源的命令(这里的some-package指的是包的文件，比如pymol-2.6.0a0-cp38-cp38-win_amd64.whl)： pip install some-package -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ win版本的gromacs安装，对于win7用户来说，设置环境变量也是一样，只不过在搜索那里改成“环境变量”——...
wormlab3.0使用介绍
https://www.youtube.com/watch?v=OdZGgVD_iv4 视频转载自油管，并使用deepseek自动进行翻译k自动进行翻译
基于AutoDock-Vina的小分子并行对接
需求：有一个需要用一种受体对八千多个小分子对接的任务，故写下此脚本。 对接数据如下： 不同名称的中药 其中一种中药含有的各种成分，已经通过 prepare_receptor4.py 批量转换为 pdbqt 文件 对接脚本如下，放到不同中药文件夹的目录下运行即可（linux）： 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on *********@author: 真弓快车该脚本的目的是检查因为异常而未能对接成功的分子，再批量对接example:vina --ligand ./*/*.pdbqt --out result.pdbqt --config 2oxe.conf > result.log"""import osimport sysfrom joblib im...
一个简单的训练集划分脚本
需求：需要对数据集进行 0.7 比例的训练集验证集划分，并分配 100 张图片作为测试集 基于以上需求编写该脚本，代码如下： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970import osimport timeimport numpy as npimport shutildef main(): splitNum = 0.7 # 训练集验证集划分比例 imagePath = './wormPic/images/' txtPath = './wormPic/txt/' imageList = os.listdir(imagePath) txtList = os.listdir(txtPath) totalNum = len(imageList) testNum = 100 # 默认10...
多浓度线虫高糖培养基配方记录
记于2025-6-11 要求（100 mg/mL母液浓度，配制400 mL培养基的目标浓度），使用稀释公式 C₁V₁ = C₂V₂ 计算各浓度所需母液体积（单位：μg/mL与mL需统一） 具体计算如下： 🔢 关键参数 母液浓度 (C₁)****：100 mg/mL = 100,000 μg/mL（1 mg = 1000 μg） 目标体积 (V₂)****：400 mL 目标浓度 (C₂)****：25、50、100、200、500 μg/mL 需加母液体积 (V₁)**：按公式 V₁ = (C**₂ × V₂) / C₁ 📊 计算结果 目标浓度(μg/mL) 需加母液体积(μL) 计算公式与过程 25 100 μL (25 × 400) ÷ 100,000 = 0.1 mL = 100 μL 50 200 μL (50 × 400) ÷ 100,000 = 0.2 mL = 200 μL 100 400 ...
余甘子/野菊花水提冻干粉制备方法记录
记于2025-5-31 制备余甘子、野菊花、余甘子/野菊花 ： 1：1 冻干粉 余甘子水提物的制备：称取 50 g 余甘子粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 野菊花水提物的制备：称取 50 g 野菊花粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 1比1余甘子/野菊花水提物的制备：称取 25g 余甘子粉末和25g野菊花1:1混合放入烧杯，料液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min...
基于gromacs模拟蛋白-配体复合物过程记录
生成蛋白拓扑文件123gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh61 将配体gro加入到蛋白gro并合并，加上原子数目用vmd检查 生成小分子限制势文件12gmx genrestr –f GPH_1npc.gro -o posre_1npc.itpSystem Topol.top修改（引入配体位置限制性文件）：原来： 1234; ; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"[ moleculetype ]; Name nrexclProtein_chain_A 3 修改成： 12345; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"; include chain topologies#include "GPH_1npc...
分子动力学结果简易分析教程
分析蛋白质和配体的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg -tu ns 两次选择backbone 1qtgrace rmsd_protein.xvg 接下来检查配体分子的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg -tu ns 第一次选bcakbone，第二次选MOL，代表结构对蛋白骨架做叠合，只计算MOL的RMSD，考查配体分子的RMSD。 1qtgrace rmsd_lig.xvg 考查氢键创建并进入hbond目录，在cmd下运行 1gmx hbond -f ../md.xtc -s ../md.tpr -hbn -hbm -nomerge -tu ns 选择protein和MOL组 123113qtgrace hbnum.xvg 考察rmsf1gmx rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -res 选择protein组 121qtgrace rmsf.xvg 考察sasa在git bash上运行 123gmx...
Hello World
Welcome to Hexo! This is your very first post. Check documentation for more info. If you get any problems when using Hexo, you can find the answer in troubleshooting or you can ask me on GitHub. Quick StartCreate a new post1$ hexo new "My New Post" More info: Writing Run server1$ hexo server More info: Server Generate static files1$ hexo generate More info: Generating Deploy to remote sites1$ hexo deploy More info: Deploymentd-deployment.html)