生成蛋白拓扑文件
1
2
3
| gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh
6
1
|
将配体gro加入到蛋白gro并合并，加上原子数目
用vmd检查
生成小分子限制势文件
1
2
| gmx genrestr –f GPH_1npc.gro -o posre_1npc.itp
System
|
Topol.top修改（引入配体位置限制性文件）：
原来：
1
2
3
4
| ; ; Include forcefield parameters
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"[ moleculetype ]
; Name nrexcl
Protein_chain_A 3
|
修改成：
1
2
3
4
5
| ; Include forcefield parameters
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"; include chain topologies
#include "GPH_1npc.itp"[ moleculetype ]
; Name nrexcl
Protein_chain_A 3
|
末尾部分：
原来：
1
2
3
| [ molecules ]
; Compound #mols
Protein_chain_A 1
|
修改成：
1
2
3
4
| [ molecules ]
; Compound #mols
Protein_chain_A 1
GPH_1npc 1
|
GPH_1npc.itp文件修改：
在末尾处加入：
1
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3
| #ifdef POSERES
#include "posre_1npc.itp"
#endif
|
设立盒子:
1
| gmx editconf -f complex.gro -o complex_box.gro -d 0.8 -bt cubic
|
加水：
1
| gmx solvate -cp complex_box.gro -o complex_SOL.gro -p topol.top
|
em.mdp pr.mdp md.mdp放入当前目录。
生成可执行文件: (改拓扑)
1
| gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
|
加离子：
1
| gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral (选SOL)
|
能量最小化：
1
2
| gmx grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
|
限制性动力学模拟100ps
1
2
| gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -r em.gro -o pr.tpr
gmx mdrun -v -deffnm pr
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常规的动力学模拟：
产生索引文件
输入：
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5
| 1 | 13 (定义蛋白-配体组，新组号为22)
!22 (把其他部分定义为一个组，新组号为23)
name 22 protein_lig (改名)
name 23 envir （环境）
q
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跑常规动力学模拟
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2
| gmx grompp -f md.mdp -c pr.gro -p topol.top -o md.tpr -n index.ndx -maxwarn 10
gmx mdrun -v -deffnm md
|
-v -deffnm md
