手把手教你快速完成 C.elegans qPCR 引物设计
下载C.elegans目标基因序列在WormBase（https://wormbase.org/#012-34-5）搜索所需要的基因 点击这个框，往下拉，注意type上写cDNA的才是我们所要的 这块就是我们的目标基因，复制保存为fasta文件，其他基因同样也是这个步骤进行复制 使用Primer-BLAST设计引物进入ncbi官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）点击右栏的Blast，拉到下面 点击Primer-BLAST 粘贴序列 设置引物的长度 注：秀丽隐杆线虫在ncbi里面是nematodes (taxid:6231) 选择物种和形式 设置完后点击Get Primers 稍等一会后我们会获得结果 需要注意的是，引物Tm值在55-65%，引物GC%在40-60%，引物长度18-25nt之间，即为理想的引物 点击Download primer pairs即可下载引物列表 之后拿去做qpcr即可
XX素描色彩第一课笔记—明度色阶间隔
学习意义 明确固有色的明度关系、层次分明、色阶丰富 主动分析总结画面的黑白灰关系，不照搬参考 切实把整体概念输入到画面中 理论知识传统三大面指物体在固定光源下受光后呈现的三个基本明暗区域 亮面：直接受光部分，色调最浅 灰面：测受光部分，介于亮暗之间，过渡自然 暗面：背光部分，包括阴影和反光影响，色调最深 五大调在三大面的基础上进一步细化，描述光影的五种关键层次： 高光：亮面中最亮的点，通常为白色 中间调：亮面到明暗分界线之间的渐变过度，体现物体固有色 明暗分界线：亮暗转折的临界线，色调最深且对比最强 反光：暗面中受环境光反射的微弱亮部，比明暗分界线浅，不超过灰面 投影：物体遮挡光源后在地面或邻近物体上形成的阴影。 现在（一）主动区分黑白灰 黑白灰是一种关系，应该翻译为“深 灰 浅” 固有色的关系 石膏与衬布的关系 衬布与衬布的关系 （二）明暗分界线、投影、暗部、材质的关系 材质的关系 投影 明暗分界线比暗部重要 一定同时存在吗 （三）明暗交界线的要点 四种结构 曲线越大，越黑越明显，曲线越平缓就越模糊 明度 虚实 （四）投影...
线虫培养、同步化及相关培养基制备指南
记录于 2025-4-21对现有的实验方案进行部分调整 LB 培养基固体需加琼脂粉 15 g/L（250 mL 加 3.75 g） 配方（1L / 250 mL） 1L 250 mL NaCl 5 g 1.25 g 胰蛋白胨 10 g 2.5 g 酵母提取粉 5 g 1.25 g 使用 1M NaOH 调 pH 7.5，121℃ 高压灭菌。 NGM 培养基（铝箔包装） 成分 1L 400 mL 100 mL NaCl 3.0 g 1.2 g 0.3 g 细菌蛋白胨 2.5 g 1 g 0.25 g 琼脂粉 17 g 6.8 g 1.7 g 去离子水 975 mL 390 mL 97.5 mL 121℃ 高压灭菌，冷却至 55℃ 后加入： 添加剂 1L 400 mL 100 mL 胆固醇 (5 mg/mL) 1 mL 0.4 mL 0.1 mL 1 M CaCl₂ 1 mL 0.4 mL 0.1 mL 1 M MgSO₄ 1 mL 0.4 mL 0.1 mL 1 M KPO₄...
从0开始做分子对接——基于Windows系统的Autodock对接教程
总结本文介绍了在 Windows 环境下使用 AutoDock4 进行蛋白-小分子分子对接的完整流程。首先说明了AutoDock4 与 MGLTools 的安装方法，并利用 Pymol 对受体进行去水、加氢等预处理。随后，通过 AutoDockTools 对受体与配体文件计算电荷、设置扭转键并生成 pdbqt 文件。接着，设置 Grid Box 实现盲对接区域定义，生成并运行 GPF 与 DPF 文件，完成对接计算。最后，通过 Analyze 模块查看结合能结果，并用 OpenBabel 将结果转换为 pdb 文件在 Pymol 中可视化。整体流程清晰、步骤完整，为初学者开展分子对接实验提供了实用参考。 Autodock4安装在进行简单的蛋白——小分子对接之前，需要对必要的前置软件进行安装，首先安装Autodock4。 其官网为：https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/ 先点击Windows然后下载 选中一个文件夹（建议新建文件夹放进去，不要用C盘），点击安装即可 然后安装Mgltools 在这里我们需要选择带图形界面...
逃离鸭科夫任务仓库路线任务攻略
前言最近在打逃离鸭科夫的时候遇到个叫仓库路线的任务，怎么找都找不到位置，看了小地图和随便走走才发现真正的路线。 完成方法完成这个任务的方法也挺简单的，只需要按照小地图标上的地方进去即可，需要小心急速团长和他们的小弟。
SQL DCL语句详解：掌握数据库用户管理和访问数据库权限
DCL介绍DCL英文全称是Data ControlLanguage(数据控制语言)，用来管理数据库 用户、控制数据库的访问权限。 DCL —— 管理用户123456789# 查询用户USE mysql;SELECT * FROM user;# 创建用户CREATE USER '用户名'@'主机名' IDENTIFIED BY '密码';# 修改用户密码ALTER USER '用户名'@'主机名' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY '新密码'# 删除用户DROP USER '用户名'@'主机名' 实例 1234567891011# 创建用户哈基米，只能够在localhost访问，密码123456create user '哈基米'@'localhost' identified by '123456';# 创建用户大狗叫...
SQL DML语句详解：掌握增删改三大核心操作
DML介绍DML英文全称是Data Manipulation Language（数据操作语言），用来对数据库中表的数据记录进行增删改操作。 添加数据（INSERT） 修改数据（UPDATE） 删除数据（DELETE） DML——添加数据1234567# 给指定字段添加数据INSERT INTO 表名（字段名1、字段名2、....） VALUES（值1、值2、....）;# 给全部字段添加数据INSERT INTO 表名 VALUES（值1、值2、...）;# 批量添加数据INSERT INTO 表名（字段名1、字段名2、....）VALUES（值1、值2、....）, （值1、值2、....）, （值1、值2、....）;INSERT INTO 表名 VALUES（值1、值2、...）, （值1、值2、....）, （值1、值2、....）, （值1、值2、....）; 注意： 插入数据时，指定的字段顺序需要与值的顺序是一一对应的 字符串和日期型数据应该包含在引号中 插入数据的大小，应该在字段的规定范围内 示例： 123456789# 给指定字段添加数据insert i...
R语言快速上手：从安装到矩阵操作的完整笔记
前言在前些年，笔者主要使用的是python语言进行数据的分析工作。在后面到研二期间进行生物数据的处理时，发现R语言在转录组分析或代谢组学分析的场景应用更加广泛，基于以上需求，遂开始对R语言的语法与数据结构进行学习并整理。 R包的安装常用模块的安装在R语言中是使用以下命令进行安装 1install.packages("xxx") R包的更新 1update.packages("xxx") 安装与应用的实例 12345if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2) 在这里是先通过安装BiocManager，再通过BiocManager安装DESeq2的模块，而后引用DESeq2这个包 R包的使用引用 1library(xxx) 展示使用文档 123help(pa...
SQL 实战入门：DDL数据库操作+三大数据类型全解析
数据库操作12345678910# 查询所有数据库SHOW DATABASE;# 查询当前数据库SELECT DATABASE();# 创建数据库CREATE DATABASE [IF NOT EXISTS] 数据库名 [DEFAULT CHARSET 字符集] [COLLATE 排序规则];# 删除数据库DROP DATABASE [IF EXISTS] 数据库名;# 使用数据库USE 数据库名; 表操作123456# 查询当前数据库所有表SHOW TABLES;# 查询表结构DESC 表名;# 查询指定表的建表语句SHOW CREATE TABLE 表名; 表操作-创建1234567CREATE TABLE 表名( 字段1 字段1类型[COMMENT 字段1注释], 字段2 字段2类型[COMMENT 字段2注释], 字段3 字段3类型[COMMENT 字段3注释], .... 字段n 字段n类型[COMMENT 字段n注释],)[COMMENT 表注释]; 例子 创建这个表： id name age gender 1 哈基米 ...
二代测序数据基础分析(一)
技术介绍 第二代测序技术，1990s - 2010s 第二代测序技术从原理上分为三种方法： Roche 454测序法 IIIumina Solexa/Hiseq测序法 ABI Solid测序法 三种二代测序技术的对比： 总结 二代测序技术总体而言都有着同一种特性： 需荧光或化学发光物质 需聚合酶或连接酶 需购买昂贵的试剂耗材和光学系统 需强大的图形分析计算能力 WES分析流程WES分析流程分为5个步骤： WES分析流程 数据质量控制 序列比对分析 变异检测 变异注释 一. WES分析流程原始测序数据——数据质量控制——序列比对——变异检测——变异注释——完成 二. 数据质量控制数据质控标准： 去掉reads中的接头 去除低质量（BP<20）碱基的reads 去除序列头尾的N碱基 去除头尾N碱基后若剩余reads长度小于40bp（双端），则丢弃该对序列 原始数据下载——sratoolkit软件 123456# 安装conda install sra-tools# 找到sra数据，下载srr listprefetch SRR1139956# sra...