基于gromacs模拟蛋白-配体复合物过程记录
生成蛋白拓扑文件123gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh61 将配体gro加入到蛋白gro并合并，加上原子数目用vmd检查 生成小分子限制势文件12gmx genrestr –f GPH_1npc.gro -o posre_1npc.itpSystem Topol.top修改（引入配体位置限制性文件）：原来： 1234; ; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"[ moleculetype ]; Name nrexclProtein_chain_A 3 修改成： 12345; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"; include chain topologies#include "GPH_1npc...
分子动力学结果简易分析教程
分析蛋白质和配体的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg -tu ns 两次选择backbone 1qtgrace rmsd_protein.xvg 接下来检查配体分子的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg -tu ns 第一次选bcakbone，第二次选MOL，代表结构对蛋白骨架做叠合，只计算MOL的RMSD，考查配体分子的RMSD。 1qtgrace rmsd_lig.xvg 考查氢键创建并进入hbond目录，在cmd下运行 1gmx hbond -f ../md.xtc -s ../md.tpr -hbn -hbm -nomerge -tu ns 选择protein和MOL组 123113qtgrace hbnum.xvg 考察rmsf1gmx rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -res 选择protein组 121qtgrace rmsf.xvg 考察sasa在git bash上运行 123gmx...
Hello World
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