余甘子/野菊花水提冻干粉制备方法记录
记于2025-5-31 制备余甘子、野菊花、余甘子/野菊花 ： 1：1 冻干粉 余甘子水提物的制备：称取 50 g 余甘子粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 野菊花水提物的制备：称取 50 g 野菊花粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 1比1余甘子/野菊花水提物的制备：称取 25g 余甘子粉末和25g野菊花1:1混合放入烧杯，料液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min...
基于gromacs模拟蛋白-配体复合物过程记录
生成蛋白拓扑文件123gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh61 将配体gro加入到蛋白gro并合并，加上原子数目用vmd检查 生成小分子限制势文件12gmx genrestr –f GPH_1npc.gro -o posre_1npc.itpSystem Topol.top修改（引入配体位置限制性文件）：原来： 1234; ; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"[ moleculetype ]; Name nrexclProtein_chain_A 3 修改成： 12345; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"; include chain topologies#include "GPH_1npc...
分子动力学结果简易分析教程
分析蛋白质和配体的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg -tu ns 两次选择backbone 1qtgrace rmsd_protein.xvg 接下来检查配体分子的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg -tu ns 第一次选bcakbone，第二次选MOL，代表结构对蛋白骨架做叠合，只计算MOL的RMSD，考查配体分子的RMSD。 1qtgrace rmsd_lig.xvg 考查氢键创建并进入hbond目录，在cmd下运行 1gmx hbond -f ../md.xtc -s ../md.tpr -hbn -hbm -nomerge -tu ns 选择protein和MOL组 123113qtgrace hbnum.xvg 考察rmsf1gmx rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -res 选择protein组 121qtgrace rmsf.xvg 考察sasa在git bash上运行 123gmx...
Hello World
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