在浏览器中运行Python--基于Vercel中部署JupyterLite过程
介绍JupyterLite 是一个完全在浏览器中运行的 JupyterLab 发行版，它基于 JupyterLab 组件和扩展从头构建而成。 JupyterLite 可以在不需要安装任何软件的情况下直接在浏览器中运行。 本文记录了如何基于Vercel去部署JupyterLite站点 官网：https://jupyterlite.readthedocs.io/en/stable/index.html 部署过程在github中拉取jupyterlite Demo首先在GitHub中将该项目fork下来，地址：https://github.com/jupyterlite/demo 而后创建部署脚本，取名为deploy.sh 内容如下： 12345678910111213141516#!/bin/bashecho y | yum install wgetwget -qO- https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba# activate the envir...
RNA-seq基本介绍及实战——基本介绍
RNA-seq的基本原理一、概念RNA-seq 是利用高通量测序技术对细胞或组织中 转录组（全部 RNA 分子集合） 进行测定的方法。它能揭示基因表达水平、转录本结构、可变剪接情况、新转录本等信息。相比于传统的 微阵列（microarray），RNA-seq 不依赖预先设计的探针，分辨率更高、动态范围更宽。 二、基本流程与原理 RNA 提取 从细胞或组织样本中提取总 RNA。 常常会去除 rRNA（占比高达 80-90%），保留 mRNA 或其他关注的 RNA 类型（如 miRNA、lncRNA）。 RNA → cDNA 由于测序平台主要针对 DNA，需要先把 RNA 逆转录为 cDNA。 通过 逆转录酶 合成一链或双链 cDNA。 文库构建 将 cDNA 打断成合适长度的片段（通常 200–500 bp）。 在片段两端连接 接头序列（adaptor），用于后续扩增和测序。 高通量测序 常见平台：Illumina（短读长，覆盖率高）、PacBio、Nanopore（长读长，适合全长转录本）。 测序得到大量的 reads（序列读段）。 数据分析 基因表达分析 （1...
使用hexo-pro新建文章时出现TypeError: __permalink.startsWith is not a function
错误发生过程在hexo-pro点击新建文章时没反应，并且控制台出现一系列错误： 123456789101112131415161718192021222324ERROR Process failed: _drafts/1.mdTypeError: __permalink.startsWith is not a function at Hexo.postPermalinkFilter (E:\personalBlog\jinhenghaoBlog\node_modules\hexo\dist\plugins\filter\post_permalink.js:14:26) at Filter.execSync (E:\personalBlog\jinhenghaoBlog\node_modules\hexo\dist\extend\filter.js:72:36) at Hexo.execFilterSync (E:\personalBlog\jinhenghaoBlog\node_modules\hexo\dist\hexo\index.js:403:35) ...
hexo-butterfly博客搜索功能的实现
前言最近一直想给自己的博客添加搜索功能，用于搜索自己的贴子。经过搜索一些教程并结合自己的思考，遂整理成这样的贴子用以记录下部署过程。 最终实现效果如下（输入123即可弹出搜索结果）： 插件的安装此搜索功能是借助于hexo-generator-search插件实现的，要用到这个功能，需要安装此插件： 1npm install hexo-generator-search --save 此外，在__config.xml文件下增加功能： 12345search: path: search.xml field: post content: true template: ./search.xml 然后，在博客的目录下新增search.xml，这个xml文件是一个搜索模板，没有它就无法生成搜索结果。 search.xml可在GitHub上进行下载。链接如下：https://github.com/wzpan/hexo-generator-search/blob/master/templates/search.xml 其代码如下： 12345678910111213141516171...
windows下基于anaconda的开源版pymol的安装
安装pymol时用的是win7，也能适用于win10，只不过我主机已经安装了,这里是开了个虚拟机演示。 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages地址(用于下载pymol包)：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/链接挂掉了，但是可以通过github的release进入下载 Anaconda官网：https://www.anaconda.com/ 如果使用pip命令出现无法安装的问题，视情况而解决，不过很有可能只是需要更换为国内镜像就可以了，在这里提供一个临时调用镜像源的命令(这里的some-package指的是包的文件，比如pymol-2.6.0a0-cp38-cp38-win_amd64.whl)： pip install some-package -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ win版本的gromacs安装，对于win7用户来说，设置环境变量也是一样，只不过在搜索那里改成“环境变量”——...
wormlab3.0使用介绍
https://www.youtube.com/watch?v=OdZGgVD_iv4 视频转载自油管，并使用deepseek自动进行翻译k自动进行翻译
基于AutoDock-Vina的小分子并行对接
需求：有一个需要用一种受体对八千多个小分子对接的任务，故写下此脚本。 对接数据如下： 不同名称的中药 其中一种中药含有的各种成分，已经通过 prepare_receptor4.py 批量转换为 pdbqt 文件 对接脚本如下，放到不同中药文件夹的目录下运行即可（linux）： 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on *********@author: 真弓快车该脚本的目的是检查因为异常而未能对接成功的分子，再批量对接example:vina --ligand ./*/*.pdbqt --out result.pdbqt --config 2oxe.conf > result.log"""import osimport sysfrom joblib im...
一个简单的训练集划分脚本
需求：需要对数据集进行 0.7 比例的训练集验证集划分，并分配 100 张图片作为测试集 基于以上需求编写该脚本，代码如下： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970import osimport timeimport numpy as npimport shutildef main(): splitNum = 0.7 # 训练集验证集划分比例 imagePath = './wormPic/images/' txtPath = './wormPic/txt/' imageList = os.listdir(imagePath) txtList = os.listdir(txtPath) totalNum = len(imageList) testNum = 100 # 默认10...
多浓度线虫高糖培养基配方记录
记于2025-6-11 要求（100 mg/mL母液浓度，配制400 mL培养基的目标浓度），使用稀释公式 C₁V₁ = C₂V₂ 计算各浓度所需母液体积（单位：μg/mL与mL需统一） 具体计算如下： 🔢 关键参数 母液浓度 (C₁)****：100 mg/mL = 100,000 μg/mL（1 mg = 1000 μg） 目标体积 (V₂)****：400 mL 目标浓度 (C₂)****：25、50、100、200、500 μg/mL 需加母液体积 (V₁)**：按公式 V₁ = (C**₂ × V₂) / C₁ 📊 计算结果 目标浓度(μg/mL) 需加母液体积(μL) 计算公式与过程 25 100 μL (25 × 400) ÷ 100,000 = 0.1 mL = 100 μL 50 200 μL (50 × 400) ÷ 100,000 = 0.2 mL = 200 μL 100 400 ...
余甘子/野菊花水提冻干粉制备方法记录
记于2025-5-31 制备余甘子、野菊花、余甘子/野菊花 ： 1：1 冻干粉 余甘子水提物的制备：称取 50 g 余甘子粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 野菊花水提物的制备：称取 50 g 野菊花粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 1比1余甘子/野菊花水提物的制备：称取 25g 余甘子粉末和25g野菊花1:1混合放入烧杯，料液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min...