wormlab3.0使用介绍
https://www.youtube.com/watch?v=OdZGgVD_iv4 视频转载自油管，并使用deepseek自动进行翻译k自动进行翻译
基于AutoDock-Vina的小分子并行对接
需求：有一个需要用一种受体对八千多个小分子对接的任务，故写下此脚本。 对接数据如下： 不同名称的中药 其中一种中药含有的各种成分，已经通过 prepare_receptor4.py 批量转换为 pdbqt 文件 对接脚本如下，放到不同中药文件夹的目录下运行即可（linux）： 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on *********@author: 真弓快车该脚本的目的是检查因为异常而未能对接成功的分子，再批量对接example:vina --ligand ./*/*.pdbqt --out result.pdbqt --config 2oxe.conf > result.log"""import osimport sysfrom joblib im...
一个简单的训练集划分脚本
需求：需要对数据集进行 0.7 比例的训练集验证集划分，并分配 100 张图片作为测试集 基于以上需求编写该脚本，代码如下： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970import osimport timeimport numpy as npimport shutildef main(): splitNum = 0.7 # 训练集验证集划分比例 imagePath = './wormPic/images/' txtPath = './wormPic/txt/' imageList = os.listdir(imagePath) txtList = os.listdir(txtPath) totalNum = len(imageList) testNum = 100 # 默认10...
多浓度线虫高糖培养基配方记录
记于2025-6-11 要求（100 mg/mL母液浓度，配制400 mL培养基的目标浓度），使用稀释公式 C₁V₁ = C₂V₂ 计算各浓度所需母液体积（单位：μg/mL与mL需统一） 具体计算如下： 🔢 关键参数 母液浓度 (C₁)****：100 mg/mL = 100,000 μg/mL（1 mg = 1000 μg） 目标体积 (V₂)****：400 mL 目标浓度 (C₂)****：25、50、100、200、500 μg/mL 需加母液体积 (V₁)**：按公式 V₁ = (C**₂ × V₂) / C₁ 📊 计算结果 目标浓度(μg/mL) 需加母液体积(μL) 计算公式与过程 25 100 μL (25 × 400) ÷ 100,000 = 0.1 mL = 100 μL 50 200 μL (50 × 400) ÷ 100,000 = 0.2 mL = 200 μL 100 400 ...
余甘子/野菊花水提冻干粉制备方法记录
记于2025-5-31 制备余甘子、野菊花、余甘子/野菊花 ： 1：1 冻干粉 余甘子水提物的制备：称取 50 g 余甘子粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 野菊花水提物的制备：称取 50 g 野菊花粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 1比1余甘子/野菊花水提物的制备：称取 25g 余甘子粉末和25g野菊花1:1混合放入烧杯，料液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min...
基于gromacs模拟蛋白-配体复合物过程记录
生成蛋白拓扑文件123gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh61 将配体gro加入到蛋白gro并合并，加上原子数目用vmd检查 生成小分子限制势文件12gmx genrestr –f GPH_1npc.gro -o posre_1npc.itpSystem Topol.top修改（引入配体位置限制性文件）：原来： 1234; ; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"[ moleculetype ]; Name nrexclProtein_chain_A 3 修改成： 12345; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"; include chain topologies#include "GPH_1npc...
分子动力学结果简易分析教程
分析蛋白质和配体的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg -tu ns 两次选择backbone 1qtgrace rmsd_protein.xvg 接下来检查配体分子的骨架：1gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg -tu ns 第一次选bcakbone，第二次选MOL，代表结构对蛋白骨架做叠合，只计算MOL的RMSD，考查配体分子的RMSD。 1qtgrace rmsd_lig.xvg 考查氢键创建并进入hbond目录，在cmd下运行 1gmx hbond -f ../md.xtc -s ../md.tpr -hbn -hbm -nomerge -tu ns 选择protein和MOL组 123113qtgrace hbnum.xvg 考察rmsf1gmx rmsf -s md.tpr -f md.xtc -o rmsf.xvg -res 选择protein组 121qtgrace rmsf.xvg 考察sasa在git bash上运行 123gmx...
Hello World
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